处理电瓶车套牌的方法如下：
公安机关交通管理部门予以收缴并扣留车辆：
套牌车辆会被公安机关交通管理部门予以收缴，并扣留，直到违法行为得到解决为止。
罚款：
违法的电瓶车驾驶人可能会被处以罚款，罚款金额通常在二千元至五千元之间，具体金额根据不同地区的规定而异。
拘留：
对于套牌行为，驾驶人可能会被处以十五日以下的拘留。
记分：
违法的电瓶车驾驶人可能会被处以记分，扣分数量根据不同地区和情况而异。
吊销驾驶证：
对于严重违法行为，交通管理部门可能会吊销电瓶车驾驶人的驾驶证，或者采取其他更为严厉的处罚措施。
提供合法证明或补办手续：
如果当事人能够提供相应的合法证明或者补办相应手续，交通管理部门应当及时退还机动车。
追究刑事责任：
如果套牌行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。
建议：
积极配合执法：如果发现自己的车辆被套牌，应当积极配合交警部门的执法工作，提供相关证明和补办手续，以减少处罚。
避免再次违法：为了避免再次因套牌被处罚，应当合法使用车辆，遵守交通法规。
以上信息仅供参考，具体处罚和程序可能会因地区和具体情况有所不同。