农村建房超面积的处理方法主要包括：
土地登记和权利证书记事
在土地登记簿和土地权利证书记事栏内标明超出的面积。
在分户建房、房屋拆迁翻建或重新建设时，村民让出超占面积，进行确权登记。
宅田相抵政策
用耕地补偿宅基地多占部分，维持总量不变。
缴费补偿
经村集体同意并得到上级部门批准，保留宅基地使用权，需缴纳一定的费用。
村民自治协商
村集体商定处理方案，提交上级部门审批。
超标严重时的回收
对于超标严重的宅基地，多出部分可回收。
退还超出部分
若不希望被罚款，在宅基地确权之前，可以将超出的宅基地面积退还给本村集体。
超出部分有偿使用
按照宅基地有偿使用的政策要求和标准，向相关部门缴纳一定的费用。
强制收回
对于使用欺骗手段获得宅基地或未拆除旧房的超标情况，相关机关可强制收回宅基地。
暂时保留
对于拆除后可能影响居住安全或村集体公共利益的宅基地，可暂时保留。
处理过程中应遵守《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，确保宅基地面积不超过当地规定的标准。同时，考虑到村民的实际情况和合理需求，处理方案应既合法又合理。